《大丹直指》为北宗全真系龙门派创始人丘处机祖师的著作。
本文承继《灵宝毕法》、《钟吕传道集》更有所发挥。《周易参同契》的思想亦体现在《大丹直指》中。熔阴阳五行，十二爻辰学说的人体有机结构炁化过程之中。并依据《阴符经》“观天之道，执天之行尽矣”而推论出“体天法象则而行之可也”。还将《易经》之卦爻纳于丹道之中，将人的生理现象与自然的物质原素作了统一的组合排列：
元炁化分阳炁与阴炁。阳炁上浮为天，包含乾、兑、离、震；阴炁沉浊为地，包含坤、艮、坎、巽。乾道成男，坤道成女。
将五行学说与《易》学融于一炉，套入人体之中，按上两个八卦方位，即：
一、内卦 (即后天)：乾(小肠)、坤(胃)、坎(肾)、离(心)、巽(胆)、兑(肺)、艮(膀胱)、震(肝)。
二、外卦 (即先天)：乾(首)、坤(足)、坎(耳)、离(口)、巽(身)、兑(鼻)、艮(手)、震(眼)。
《大丹直指》可说是集众多于大成的一篇典籍
邱处机本身提倡儒、释、道三教合一，并认为金丹之秘就在於性与命。性为天，常潜於顶，顶者性根；命为地，常潜於脐，脐者命蒂。若能五气朝元，炼神入顶，就可成仙。又谓人使肾气与心气上下相交，升降相结，用意勾引，脱出真精真气，混合於中宫，用神火烹炼，令气周流於一身，气满神壮，便可结成金丹，不但长生益寿，若兼修德行，还可跻身圣位。
《大丹直指》以“提取——综合——再提取——再综合——直至纯一”的炁化过程，称为“炼丹”。共列了八篇来论述炼丹的程序，附图（后附解释）：
一、五行颠倒、龙虎交始图
人人具足，箇箇圆成
二、五行颠倒、周天火候图
天地升降，日月往来。一阖一辟，进退存亡。《易》曰：知进退存亡其惟圣人乎！
三、三田返复、肘后飞金精图
恍恍惚惚，其中有物。杳杳冥冥，其中有精。清者浊之源，渐入真道。
四、三田返复、金液还丹图
五、五炁朝元、太阳炼形图
丹就，五炁自朝元，鍊形换骨。
六、神水交合、三田既济图
七、内观起火、炼神合道图
外魔远出，七魄遁形，九虫下出，三尸绝迹，阴鬼速亡，乃为火焰。
八、弃壳外仙、超凡入圣图
丘处机以图解论述了修持理论，我们可以整体归纳为几个方面，来加以解释：
(一) 五行颠倒，龙虎交姤
所谓 “五行颠倒”，即是将人的五脏炁的后天运行走向，进行适当的调整，返回到先天的运行上来，亦将五脏以金木水火土五个属相，进行组合排列(通过意念的调运，产生炁化作用。而“龙虎交始，即以“心”代表阳性，(亦称阳龙，属火)，“肾”代表阴性(亦称阴虎、属水)，“交姤”即互为交接，先使水火二气上下相交，升降相接，用意勾引脱出真精真气，混合于中宫(脐内一寸三分)用神火烹炼，周流于一身，气满神化，结成大丹，以达“气入脐为息，神入气为胎，胎息相为名曰太乙真”，亦称“药物”“玄珠”得者可益寿延年。这是“提取——综合”的第一个阶段。
(二) 禀日月运行之周天火候
药物既得，需要调养，即是将药物，运送到指定的鼎釜内，以一日一周天，一月一周天，一年一周天的阴阳消长循环炁化过程。邱氏曰： “春三月下火四两，夏三月下火六两，秋三月下火八两、冬三月下火二两”。通过肾举心降的炁化调节，进行人体内在的潜运，故曰：“天地升降日月往来，一阖一辟进退存亡，《易》曰“知进退其惟圣人乎”。依照八卦的乾阳一爻从坤卦，初爻进起，进一阳为复卦，故称“一阳来复”亦称“进火”。由此类推，二爻、三爻、四爻、五爻直至坤上爻，以尽全阳，成为乾卦。亦称为“阳进阴退”，故邱氏云：“复卦起行至三阳，水金两停膀胱，至脐和暖，应地天泰卦”。到此，只要把捉一尘不著(即无思念)方得龙虎交姤，渐而阳气向上，以至满身体和暖，应乾卦药物透顶(顶应指泥丸宫)。此时如风雨潮浪沸滚，药熟化金液如冷泉自降，即阳极阴生，由乾卦变化为姤卦，为“一阴生”，亦称为“阴进阳退”。故邱氏云“是应姤卦渐凉至济应否卦，丹田火气渐渐微应剥卦，是一周天。”邱氏所云的周天火候”运转，是将药物在人体任督两脉上进行烹炼，即“提取——综合”的第二个阶段，曰“周天火候”。此行炁的规律，如日月运行之轨，故天地一周天，人亦一周天。无不将自然的物质元素与人体精气运行同等起来。
(三) 五行相生、后天返先天
邱氏在《三田返复肘后飞金精诀义》中，引用了唐代施肩吾的一段丹经云： “子时以肺之精华之气并在肾中号曰金精，金精者金水未分，肺肾之气合而等一。”在丹经中又称“金水同宫”，将再得之药物，按时用法逆督脉从尾闾下关直闯进入夹脊，过玉枕，直上泥丸”，邱氏称为“返老还童。”故人之后天之气化为先天之气，即是：“提取——综合”的第三个阶段。亦可称为“还精补脑”。肾脏部位属下丹田之区，肾肺之金水是五脏之精气，此时由内调出运送到任督两脉上，古人将任督两脉称为“天道”，“河图”实为天地运行之轨。并在两脉关键之穴位上，套上八卦的方位，实起内外消长互衍之变化，无疑是模拟自然的气运消长规律。
(四) 五行调和，金液固己
邱氏在 “还丹诀”中，专题论述五脏之气的互为关系，并以五行相生，作了详细的图解，其目的是将人体脏腑之气与经络之气，合一而已。邱氏云：肾气传肝气，肝气传脾气，脾气传肺气，肺气传心气，心气传脾气，脾气传肾气，五行循环而曰小还丹。
虽然五脏之属相应五官眼鼻口耳， “丹道”却要求外不泄露神气，而应内之循环而矣。以肾为先天之本，经过意识的自然调节，以水(肾)生木(肝)，木(肝)生土(脾)，土(脾)生金(肺)，金(肺)生火(心)，火(心)生土(脾)，土(脾)生水(肾)的循环走向称为“金液还丹”，其目的为纯阳气生，亦可称为“提取——综合”的第四个阶段。
(五) 还归于中极，抱元守一
道家认为：万物起于 “无”，始于“有”，行于“有”，归于“无”。“无”应理解为事物的静态，“有”应理解为物质的动态，“炼气化形”为修持最终目的，还归于中极，抱元守一，即“提取——综合”的第五个阶段。“五气朝元”即由“动”归于“静”，全部的炁化过程已由中宫主持。“脱胎换骨”的物资条件，已臻完备，达到丹经云：“我命在我”的境界。邱氏所云“換骨”，即是“将人枯槁之形炼之红润，何止返老还童”。至此生命的机能完全被控制了，这亦是道家称为“统一”的境界。
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《丘祖秘传大丹直指》为全真道掌教丘处机祖师的著作之一。所述内丹原理及方法，但是要注意，此本与丘处机通行本《大丹直指》，内容全不相同。
《丘祖秘传大丹直指》所载丹诀之价值而论，此书应在一般丹经之上。
一 、 论三宝三要
修炼有三宝三要。
三宝者，精、气、神也。精，先天一点元阳也；气，人身未生之初祖气也；神即性，天所赋也。此三品上药，炼精化气，炼气化神，炼神化道，三宝之旨也。
三要者，一曰鼎炉，异名虽多，而玄关一窍，实鼎炉也；二曰药物，异名亦多，而先天一气，实药物也；三曰火候，名亦甚多，而元神妙用，实火候也。
二 、 论三关三田
夫背后尾闾、夹脊、玉枕，谓之三关，属督脉，为阳；前面上丹田、中丹田、下丹田，谓之三田，属任脉，为阴。此阴阳升降之路，自背后督脉上来，即属子，自前面任脉下去，即属午，子午抽添，所谓周天火候是也。
先说三关：尾闾关在背后夹脊下，脊骨尽头处，其关通内肾之窍。直上至背后对内肾处，谓之夹脊双关。又上至脑后，谓之玉枕关。三关通起一条髓路，号曰漕溪，又曰黄河，乃阳气上升之路。
再论三田：泥丸谓之上丹田，其穴在两眉正中入内三寸之地，方圆一寸二分，虚间一穴，乃藏神之所。心下三寸六分，名曰土釜，黄庭宫也，乃中丹田，方圆一寸二分，亦虚间一穴，乃藏气之所，炼丹之鼎。直下与脐门相对过处，约有三寸六分，故曰“天上三十六，地下三十六。”自天至地八万四千里，自心至肾八寸四分，天心三寸六分，地肾三寸六分，中丹田一寸二分，非八寸四分而何。脐之后，肾之前，名曰偃月炉，又曰气海。稍下一寸三分，名曰华池，又曰下丹田，方圆一寸二分，亦是虚间之穴，乃藏精之所、采药之处。此处有两窍，向上一窍通内肾，直下一窍通尾闾，中间乃无中生有之窍，强名曰玄关，直一之气产生之时，玄关自开。
三 、 论奇经八脉
八脉者，冲脉在风府穴下，督脉在脐后，任脉在脐前，带脉在腰间，阴跷脉在尾闾前阴囊下，阳跷脉在尾闾后二节，阴维脉在顶前一寸三分，阳维脉在顶后一寸三分。凡人有此八脉，俱属阴神，闭而不开，惟神仙以阳气冲开，故能得道。八脉者，先天大道之根，一气之祖。
采之惟在阴跷为先，此脉才动，诸脉皆通。次督、任、冲三脉，总为经脉造化之源。而阴跷一脉，上通泥丸，下通涌泉。倘能知此，使真气聚散，皆从此关窍，则天门常开，地户永闭，尻脉周流于一身，贯通上下，和气自然上朝，阳长阴消，所谓“天根月窟闲来往，三十六宫都是春”。得之者身体轻健，容衰返壮，昏昏默默，如醉如痴，此其验也。
四 、 论坎离水火
当人未生之时，一点初凝，总是混沌性命。三月而玄牝立，脐如瓜蒂，儿在胎中，随母呼吸。既生而剪去脐带，天翻地覆，则一点真阳，凝聚于脐中。乾变为离，坤变为坎，故神出气移，遂不复守胎中息。息不守则心火属离，如汞欲飞，又加以思虚念想，益不与肾水相接。肾水属坎，如铅欲沉，又加情动失固，益不与心火相接。肾自肾，心自心，水火各居，是任其升沉，坎离不得颠倒矣。不但不能生丹，而且生疾病耳，焉有生理。
又论胎息，呼不得神宰，一息不全，吸不得神宰，亦一息不全。使息息归根，以接先天元气，神入气中，气包神外，如胎儿在母腹中呼吸一般，即为胎息。盖呼吸者气也，神者心也，以神驭气，以气留形，以神驭气而成道，即以火炼药而成丹也。
五 、 论呼吸
诀曰：气是添年药，心为使气神；能知神气祖，便是得仙人。
盖呼吸所从起者也，呼为父母元气，吸为天地正气。令气合形，神合气，则命在我矣。凡人不知收藏呼吸之地，强闭出入，与死静者无异。又或任其出入，则元气随呼气而出，反为天地所夺。
是以有抽添之说，使气之呼吸至于根蒂。吸自外而内，呼之亦入内，吸则来于子宫玉洞，呼则直上昆仑巅顶，呼吸旋为一气，成为胎息。虽然，一气如何至此？盖呼吸久，但觉有一吸至于内，久之而并不觉气急，犹子在母腹时，即为胎息也。但凡人只知吸之在内 , 不知呼之亦在内，知之则可夺天地之正气矣 , 而后方谓之“添年药”。
六 、 论玄窍
又曰：汝欲内呼吸 , 汝当得其一 , 则万事毕。一之为物 , 有两窍 , 两窍又止一窍。此一窍也，无内外，无边际，中有乾坤理五气、合百神，此根蒂之处、结胎之所，性命始于此，精气神俱生于此。
及吾生身受气之初，父母精气相交之顷，流注一线之路，其中似有一管相通，故曰无孔笛，没口人吹也。有此管，然后生肾，生诸脏腑，一身经脉，皆从此生，又曰总持门，曰三关要路。在母腹时，吸至此窍，合天降，呼从此窍，合地升，又名为龟鼻头，惟此一窍，乃内呼吸之根蒂，先天元气实游于此，天地正气实从此入。
人以命门为玄，肾堂为牝，此处立基，谬之千里矣。不知玄牝乃天地之根，在西南坤地，脐后肾前，而又非脐下一寸三分，亦非两肾间之空窍。此乃真窍，能得而知。上通泥丸，下透涌泉，中接心肾，内虚而直，不可形求，不可意取。先天真种实藏于此，通天地，通神圣，得则生矣，失则死矣，“真人之息以踵”者此也。此天仙下手处，舍此而下，酆都九幽者也。
七 、 论塞兑垂帘
塞兑者，口开神气散，故塞之也。垂帘者，眼全开神漏，全闭神昏，惟垂帘微启耳。两眼之中即天根，即所谓性命关也。其根生于眼，眼属心，心生造化，自属玄之又玄者，仙家谓之玄牝之门。心肾内日月，交接于内，两眼外日月，交接于外，攒簇水火而不散，气自调矣。
八 、 论 回 光 调 息
欲明回光调息，须知观音常之妙用。观音堂者何？观属眼，音属耳，眼属心，耳属肾，心肾相接处，为观音堂，主持一身神气者也。
其法自两眼角收心一处，收到两眼中间，以一身心神，尽收此处，所谓“乾坤大地一起收来”是也。心定之后，自此用眼下看鼻尖，直下看到脐下。眼常在此处，寂然不动，任鼻呼吸，调息绵绵，若存若亡。不假工夫，则真息自调，“息不由于鼻外，思维止于身中”。正谓此耳。又曰“蟾光终日照西川，即此便是药之根。”蟾光即眼光也，西川即脐下坤地也。如此回光于脐下，以调真息，是神入气穴。回光日久，肾中一点真阳，上与心神相合，则心息相依 ( 内息者气也 ) ，心息相依则水火既济。
回光调息工夫，遇静即行，不拘子午，十二时中皆可为。即行功时，意失便收来，所谓“放去收来总是伊”。
是工用久，心内自悟，五贼先去，五贼乃眼耳鼻口意。眼不外视而内照，则魂在肝而不从眼漏；耳不闻声而返听，则精在肾而不从耳漏；鼻不嗅味而调息，则魄在肺而不从鼻漏；口不开言而塞兑，则念在脾而不从口漏；意不妄想而默守，则神在心而不从意漏。如此精神魂魄意，攒簇在坤位，则独修无漏矣。
九 、 论采药
药者何物，吾身元气是也。元气行乎气血之中，而耳能听，目能视，手能持，足能行。然而人之生，元气生之也，所以强名其气曰“命”，而心有神，强名曰“性”，神气交，性命合，故曰“双修”，工夫只在一“双”字，心火上炎，肾水下漏，便不双也，故修性兼修命也。双修之道无他，不过取肾中之气，以合心中之神耳。
采气之诀：脊骨二十一节，自下而上，七节之旁，两肾居之。天一生水，夜子时后，一阳初生，身中元气，从尾闾穴，自下而上，却行到肾。两肾中间有一窍，正七节之中，元气从此而出，冲动阳关。所以人睡到半夜子时之后，外肾阳举。阳不自举，内肾窍中之气发出而外肾举也。当其内肾阳气将到外肾之时，不妨披衣起坐，垂目闭口，调息绵绵，存想两肾中间，若有气从此出，此气即谓之铅，为水中金也，又名白虎。夜夜行工，坐更余方睡。肾络连心，下动上应，一月之间，觉两肾中间气动而出，只因起坐，寂然不动之中，复以色情采之，欲罢不能，欲解不释，此气不得顺而下行，乃逆而上行。丹道只在一“逆”字，顺于凡母则成胎，逆受灵母则成丹。外肾不举，便是阳气不行之验。不采之采，是名为采，而所谓炼精化气者也。
又人吃五谷诸味，浊化为渣，清化为津，津又化为阴精，阴精不炼，便作怪想淫欲。只用丹田自然之风，吹动其中真火，火在下而水在上，水得火蒸，自然化气而上腾，蒸透一身关窍，是为炼阴精而化真气也。
十 、 论交媾
既觉肾水上升，便以心气下降。心气谓之汞，以其木生火也，又名青龙。心气下降，则水火迎合，心肾二气，自然交媾，即身中夫妇也。以意为媒，用意勾引，意即中央土也，又曰戊己土。
所谓交媾，只心肾二气，循环于心下肾上之间，玄门指为洞房。循环百遍，交媾数足，自然落于黄庭 ( 下丹田 ) 相迎。无夜不交媾，夜夜落黄庭，则夜夜元气凝聚。常人以之延寿，玄门以之修炼，皆借此气为丹头也。
十 一 、 论河车
元气积聚丹田，上无路可通，只得下穿尾闾，由尾闾而夹脊、而玉枕、而泥丸，则背后气通也。前降之气，愈引后升之气，上而复下，下而复上，玄门所谓“河车运转”、“夹脊双关透顶门，修行径路此为尊”者也，总之是任督二脉通。任起中极之下，上至咽喉，属阴脉之海，督起少腹以下，至上鹊桥，属阳脉之海，二脉通，则百脉皆通。又曰“皆在心内运天经”，“天经”即二脉也，“昼夜存之可长生”也。
运转之后，复落黄庭，自觉黄庭内有气存焉，以心常常照顾，所谓心息相依，又谓凝神入气穴者此也。行住坐卧，照顾不移，神气自凝，一气既归中，鼻中气自微，所谓“调息要调真息息”者此也。
十 二 、 论采真阳之气
丹道当夜气之未失，但凝神聚气，端坐片时，少焉神气归根，自然无中生有，渐凝渐聚，生出一团阳气。闻至人调息养性之诀，无非精气通身，炼一身之阴气而已。
若于寂然不动之中，复有动机，即如法采之，此时更加观照而凝神，以助火工。即不必三个月时候，或静坐时，或睡醒时，觉腹中有冲和之气，升撞不定，此真阳之气动也。即用微意，采此真阳之气，引到顶上正路中，所谓“倒行逆施，以能升顶”者此也。复自顶上引至腹中，又自腹中引入尾闾关。前后数回，片晌工夫，一得永得，其气常自周流矣。
十 三 、 论合日月真气
又曰：能夺天地之真气，可以长生。法可早晨于高处，向日静坐，存想太阳包罗吾身，连身化为太阳。无思无欲，混混沌沌，天地之气渐渐归于吾身。
亦可二六时中只向日，如日在东，眼则向东，日在西，眼则向西。总是吾身与太阳相抱，轮转不息，方能得之。
合月之气亦然。
十 四 、 论接天地之气
然凝一之久，又复周流循环不已。鼻息之气接天地之气，天地之气从鼻入，接着肾中之祖气，与之混合一运。此人之气而渐与天地合，以为后来炼气化神张本，补益吾凿丧之真气，所谓“竹破以竹补”也。又以此融化凡精，而生真气，真气已足，自然化神，充满一身内外。
十 五 、 论得丹
如欲得丹，必须弃世大静，小静三日，中静五日，大静七日。静中自然生动，所谓“人死自活”，此时全仗道友护持之力。“混沌鸿蒙，牝牡相从”，鸿蒙者一气未分时也，相从者阴阳混于中而不相离也。当其未离也，神凝气聚，混融为一，内不觉一身，外不觉宇宙，与道为一，万虑俱遣，溟溟滓滓，不可得而名，强名曰“太乙含真气”，又名曰“先天一气”，为金丹之母。
今人不知大道之祖，或指真铅为先天，或指天一生水为先天，或指两肾中间灵明处为先天，皆非大道之先天也。
又曰“采鸿蒙未判之气，夺龙虎始媾之精。”闭入黄房，炼成至宝，寂然不动，则心与天通而造化可夺。又曰“不向肾中求造化，却于心里觅工夫。”
勤而行之，可与钟吕并驾矣。
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